یکی از عمده ترین مصارف کاربردی نانوالیاف استفاده از آن به عنوان یک لایه فیلتر قوی برای تقویت خواص فیلتراسیون فیلترها و ماسک های محافظ در برابر آلاینده های بسیار ریز می باشد.ماسک نانو الیاف نسل جدیدی از ماسک های تنفسی است که برای محافظت شما در برابر ذرات ریز 2/5  میکرون استفاده می شود. در ماسک های FFP3 و N99 نانو پاک از لایه نانو الیاف استفاده شده است تا میزان فیلتراسیون و راندمان ماسک بیشتر شود.